立體顯微鏡因其所具備的眾多優點在工農業和科研各部門有著廣泛的應用。若在使用過程中出現一些問題可根據實際情況自行解決。根據實際使用情況常見的故障有：視場較模糊或有臟物，可能的原因有標本上有臟物，目鏡表面有臟物，物鏡表面有臟物，工作板表面有臟物。可根據實際情況采取清潔標本，目鏡，物鏡和工作板表面的臟物解決。
 

　　雙像不重合可能的原因為瞳距調節不正確可采取修正瞳距的措施，雙像不重合也可能是視度調節不正確可采取重新進行視度調節，還有可能是左右目鏡倍率不同可檢查目鏡并重新安裝相同倍率的目鏡。如果是圖像不清晰可能是物鏡表面有臟物請清潔物鏡。如果變焦時圖像不清晰有可能是視度調整不正確和調焦不正確，可重新進行視度調節和調焦。若發生燈泡經常燒掉和燈光閃爍不定的情況時，則也許是當地的線電壓太高，燈泡快燒壞了和電線連接不良，請仔細檢查電壓和顯微鏡的電線連接情況是否牢固，如不是則可能是燈泡快燒壞了可重新更換燈泡解決。
 

　　立體顯微鏡在使用前的調校主要有：調焦，視度調節，瞳距調節和燈泡更換幾個步驟。下面分別進行說明。
 

　　調焦：將工作臺板放入底座上的臺板安裝孔內。觀察透明標本時，選用毛玻璃臺板；觀察不透明標本時，選用黑白臺板。然后松開調焦滑座上的緊固螺釘，調節鏡體的高度，使其與所選用的物鏡放大倍數大體一致的工作距離。調好后，須鎖緊緊固螺釘。調焦時，建議選用平面物體，如印有字符的平整紙張、直尺、三角板等。
 

　　視度調節：先將左右目鏡筒上的視度圈均調至0刻線位置。通常情況下，先從右目鏡筒中觀察。將變倍手輪轉至倍位置，轉動調焦手輪和視度調節圈對標本進行調節，直至標本的圖像清晰后，再把變倍手輪轉至倍位置繼續進行調節直到標本的圖像清晰為止，此時，用左目鏡筒觀察，如不清晰則沿軸向調節左目鏡筒上的視度圈，直到標本的圖像清晰為止。
 

　　瞳距調節：扳動兩目鏡筒，可以改變兩目鏡筒的出瞳距離。當使用者觀察視場中的兩個圓形視場*重合時，說明瞳距已調節好。應該注意的是由于個體的視力及眼睛的調節差異，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同時間使用同一臺顯微鏡時，應分別進行齊焦調整，以便獲得的觀察效果。無論是更換上光源燈泡，還是更換下光源燈泡，在更換前，請務必將電源開關關上，電源線插頭一定要從電源插座上拔下。當更換上光源燈泡時，先擰出上光源燈箱的滾花螺釘，取下燈箱，然后從燈座上卸下壞燈泡，換上好燈泡，再把燈箱和滾花螺釘裝上即可。當更換下光源燈泡時，需將毛玻璃臺板或黑白臺板，從底座上取出，然后從燈座上取下壞燈泡，換上好燈泡；再把毛玻璃臺板或黑白臺板裝好即可。更換燈泡時，請用干凈的軟布或棉紗將燈泡玻殼擦拭干凈，以保證照明效果。